대구에서 기계부품 회사를 운영하고 있습니다. 몇 년 전 신규 사업을 위해 별도 법인을 설립했지만 기대했던 만큼 매출이 나오지 않아 계속 적자가 쌓였습니다.

결국 사업을 정리하기로 하고 저희 회사가 보유하던 비상장주식 전부를 관계회사에 매각했습니다. 당시 외부 회계법인에 주식 가치평가를 맡겼고, 누적 적자와 거래처 이탈 가능성을 고려해 매매가격을 정했습니다.

계약서는 작성했고 이사회 의결도 거쳤습니다. 매매대금 역시 법인계좌로 정상적으로 입금됐으며 주주명부와 법인등기 관련 절차도 정리했습니다.

그런데 최근 세무조사 과정에서 세무서가 해당 주식의 세법상 평가액이 실제 매매가격보다 훨씬 높다며 관계회사에 시가보다 낮게 넘긴 거래라고 판단했습니다.

차액을 손금으로 인정할 수 없다면서 법인세와 가산세를 추가로 부과하겠다고 하고, 거래 당시 대표이사였던 저에게 책임이 생길 수 있다는 말도 들었습니다.

적자기업의 지분이라도 세법상 평가액을 따라야 하는지, 기업 인수·매각 과정에서 합리적인 이유가 있었음을 입증하면 과세를 다툴 수 있는지 궁금합니다. 대구에서 조세와 기업법무를 함께 다루는 변호사에게 어떤 자료를 보여줘야 할까요?

특수관계가 있는 회사 사이에서 비상장주식을 거래했다고 해서 매매가격이 곧바로 부당한 것으로 확정되는 것은 아닙니다.

다만 일반적인 제3자 거래와 달리 가격을 임의로 조정할 가능성이 있다고 보아 과세관청이 거래 당시의 시가와 매매조건, 거래로 인해 어느 회사에 이익이 이전됐는지를 자세히 확인할 수 있습니다.

세법상 보충적 평가액과 실제 거래가격에 차이가 있다면 왜 그 가격으로 매각할 수밖에 없었는지, 독립된 당사자 사이에서도 같은 조건으로 거래했을 것인지가 중요한 쟁점이 됩니다.

매도법인과 매수법인 사이의 지분 및 경영 관계

매각 대상 회사의 최근 재무상태와 영업 전망

거래 당시 비상장주식 가치를 산정한 방법

외부 투자자나 다른 매수후보자와 협의한 사실이 있는지

이사회 또는 주주총회의 승인 절차가 적법했는지

매매대금이 실제로 지급되고 다시 반환되지 않았는지

특수관계인 사이의 거래가격이 통상적인 시가보다 현저히 낮고 그 결과 법인의 소득이 부당하게 감소한 것으로 판단되면 과세관청이 정상적인 가격을 기준으로 소득을 다시 계산하려 할 수 있습니다.

그러나 세법상 계산된 평가액이 항상 실제 시장에서 거래 가능한 가격과 완전히 일치한다고 단정할 수는 없습니다.

회사의 계속기업 가능성이 낮거나 주요 거래처가 이탈했고, 추가 자금 투입이 불가피한 상황이었다면 그러한 위험이 실제 주식 가치에 어떤 영향을 미쳤는지 설명할 필요가 있습니다.

회계법인이나 평가기관의 보고서는 매매가격을 정한 근거로 활용할 수 있습니다. 다만 보고서가 있다는 이유만으로 과세 문제가 자동으로 해결되는 것은 아닙니다.

평가에 사용한 재무자료가 정확했는지, 향후 매출과 할인율 및 우발채무를 합리적으로 반영했는지를 확인해야 합니다.

거래가격을 먼저 정해둔 뒤 그 금액에 맞춰 평가보고서를 작성한 정황이 있다면 독립성과 신뢰성이 문제 될 수 있으므로 평가 의뢰 시점과 평가기관에 제공한 자료도 함께 검토해야 합니다.

기업 구조조정이나 사업 철수, 유동성 확보와 핵심사업 집중을 위해 계열사 지분을 정리할 수 있습니다.

이러한 경영상 필요가 실제로 존재했고 거래조건도 회사에 불리하지 않도록 협의됐다면 거래의 경제적 합리성을 설명하는 근거가 될 수 있습니다.

당시 작성한 사업재편안과 자금계획, 손실 확대 전망 및 다른 매각방안을 검토한 자료가 있다면 사후에 만든 설명보다 설득력이 높을 수 있습니다.

회사의 중요한 자산인 주식을 관계회사에 낮은 가격으로 넘겼다면 세금뿐 아니라 이사의 선관주의의무와 충실의무, 회사 손해 발생 여부가 함께 문제 될 수 있습니다.

이사회에 거래조건과 가치평가 결과를 충분히 보고했는지, 이해관계가 있는 이사가 의결 과정에 어떻게 참여했는지를 확인해야 합니다.

회사에 손해를 끼치려는 의도 없이 정상적인 경영상 판단으로 진행했더라도 의사결정 과정이 남아 있지 않으면 사후 분쟁에서 설명이 어려울 수 있습니다.

매도법인의 소수주주가 계열사에 자산을 헐값으로 넘겼다고 주장하거나 매수법인의 주주가 과도한 가격을 지급했다고 문제를 제기할 수 있습니다.

이 경우에는 세무상 시가뿐 아니라 회사에 실제 손해가 발생했는지와 이사의 판단 과정이 적절했는지를 살펴봐야 합니다.

주주 간 계약이나 투자계약에 중요 자산 처분과 특수관계인 거래에 관한 사전 동의 조항이 있다면 해당 절차를 지켰는지도 확인해야 합니다.

매각을 결정하게 된 사업상 이유와 가격을 정하는 과정에서 검토한 자료를 시간순으로 제출하는 것이 좋습니다.

평가보고서뿐 아니라 매각 전 실사자료와 손익 전망, 협상 이메일과 이사회 회의자료를 함께 제시하면 거래가 임의로 만들어진 것이 아니라는 점을 설명하는 데 도움이 될 수 있습니다.

조사 당시의 진술과 서면 제출내용이 서로 어긋나지 않도록 거래에 관여한 임직원의 역할과 의사결정 흐름을 먼저 정리해야 합니다.

세금 부과가 예정된 단계라면 받은 문서의 종류와 송달일, 의견 제출 또는 불복이 가능한 기한을 먼저 확인해야 합니다.

과세관청이 적용한 시가 산정 방식과 차액 계산, 거래로 인해 법인소득이 어떻게 감소했다고 보는지를 분석해야 합니다.

정식 고지 전에 다툴 수 있는 절차가 있는지와 고지 후 조세불복을 준비해야 하는지를 구분해 대응할 필요가 있습니다.

거래구조를 확정하기 전에 주식과 자산매각 방식을 비교합니다.

특수관계인 거래 여부와 적용 가능한 시가 기준을 확인합니다.

재무·법률·세무 실사를 통해 잠재채무를 점검합니다.

외부 평가기관의 독립성과 평가 전제조건을 검토합니다.

이사회와 주주총회 등 내부 승인절차를 문서로 남깁니다.

계약서에 세금 부담과 사후 조정조항을 구체적으로 정합니다.

주식매매계약에는 매매가격과 지급일뿐 아니라 거래종결 전후의 세금 부담과 세무조사 협조의무를 정해두는 것이 좋습니다.

과거 세무신고에 문제가 발견됐을 때 누가 추가 세금과 가산세를 부담할지, 매도인의 진술과 보장이 사실과 다를 경우 어떤 책임을 질지도 확인해야 합니다.

가격 조정이나 손해배상 청구기간, 자료 제공과 세무대리인 선임 권한까지 정하지 않으면 거래가 끝난 뒤 다시 분쟁이 발생할 수 있습니다.

주식매매계약서와 부속합의서

거래 전후 주주명부와 지분구조 자료

매각 대상 회사의 재무제표와 세무조정계산서

비상장주식 가치평가보고서와 평가 의뢰자료

법률·재무·세무 실사보고서

사업 철수와 매각을 검토한 내부 보고서

이사회 의사록과 주주총회 승인자료

다른 매수후보자와 협의한 이메일과 제안서

매매대금 지급과 사용처를 확인할 계좌내역

세무조사 통지서와 과세예고 세액 산출자료

매도인과 매수인이 세법상 특수관계에 해당하는지

과세관청이 적용한 비상장주식 시가가 적정한지

실제 매매가격에 반영된 경영상 위험이 객관적으로 존재했는지

저가양도로 법인의 소득이 부당하게 감소했다고 볼 수 있는지

이사회 승인과 이해관계인 거래 절차가 적법했는지

세무조사 대응과 조세불복을 M&A 계약상 책임 문제와 어떻게 연결할지

STEP 1: 과세관청이 산정한 주식 시가와 세액 계산방식을 확인합니다.

STEP 2: 매각 대상 회사의 재무상태와 잠재위험을 거래 당시 기준으로 정리합니다.

STEP 3: 외부 평가와 가격 협상, 내부 승인자료를 연결합니다.

STEP 4: 기업거래의 경제적 합리성과 경영상 필요를 설명합니다.

STEP 5: 과세 전 또는 고지 후 가능한 조세불복 절차를 검토합니다.

STEP 6: 주주 분쟁과 이사 책임, 계약상 세금 부담 문제를 함께 점검합니다.

계열사 사이에서 비상장주식을 거래했다는 이유만으로 실제 매매가격이 무조건 부인되는 것은 아닙니다.

다만 세법상 평가액보다 낮게 매각했다면 가격 차이가 발생한 이유와 거래의 경제적 합리성을 객관적인 자료로 설명해야 합니다.

대구 소재 기업이 지분 매각 후 세무조사를 받고 있다면 조세 쟁점만 따로 보지 말고 가치평가와 이사회 승인, 주식매매계약 및 주주 관계까지 함께 살펴봐야 합니다.

조세와 기업법무·M&A를 다루는 변호사와 거래 당시 자료를 검토해 과세처분 대응과 계약상 책임, 경영진의 법적 위험을 한꺼번에 정리하는 것이 중요합니다.